Les marais arrière-littoraux, comme celui de Brouage couvrent de vastes superficies
en Charente-Maritime où ils contribuent à former des paysages particulièrement
typiques, faits d’une alternance de prairies plus ou moins humides séparées
par un dense réseau de fossés et canaux. L’intérêt botanique du marais de Brouage
réside dans la présence d’espèces rares, mais aussi - du fait de son évolution
géomorphologique - d’associations végétales variant selon le gradient de salinité
des milieux : marais salés (slikke et schorre), anciennes salines, marais saumâtres,
et marais doux. C’est ainsi le lieu de développement d’un flore originale comprenant
de nombreuses plantes uniques en Poitou-Charentes : bénéfice d’une longue tradition
de pâturages extensifs assurant le maintien et l’entretien de ces prairies permanentes.
De plus, la position littorale des marais charentais, sur un des principaux
axes de migration de l’ouest de l’Europe, en fait des lieux privilégiés de halte
migratoire ou d’hivernage pour de nombreuses espèces d’oiseaux d’eau en provenance
de contrées nordiques. Les marais de Brouage et de Rochefort jouent, à cet égard,
un rôle très important. Bien que plus réduit, leur rôle comme site de nidification
pour certaines espèces n’est pas négligeable. C’est ainsi que le marais de Brouage
accueille une colonie de hérons qui était encore il y a peu, la plus importante
du territoire français. La faune du marais de Brouage se répartit en deux grands
milieux : les vasières et les marais. Les vasières accueillent une grande diversité
et un grand nombre d’oiseaux, regroupés en trois grandes familles : limicoles,
laridés, anatidés (plus quelques ardéidés). On rencontre dans le marais plus
de 150 espèces d’oiseaux (divers rapaces, Cigogne blanche, Héron cendré, Aigrette
garzette...). La faune du marais est constituée également d’amphibiens et de
reptiles, dont certains inféodés aux zones humides (Cistude d’Europe ; Rainette
méridionale et Pélodyte ponctué qui possèdent là l’essentiel de leur population
régionale), de nombreux rongeurs (dont l’envahissant ragondin !) et insectivores,
et des carnivores (belette, fouine pour les espèces les plus communes...